Het natuurgebied Bourgoyen-Ossemeersen is  opgedeeld in 6 deelgebieden met verschillende doelstellingen. In die deelgebieden zijn de beheersmaatregelen ofwel gericht op plantenvegetaties, ofwel gericht op de aanwezigheid van water- en weidevogels, ofwel gericht op wandelrecreatie en natuureducatie.

Het dagelijkse terreinbeheer van de percelen in stadseigendom wordt uitgevoerd vanuit de Valkenhuishoeve met stedelijke natuurarbeiders die, afhankelijk van het seizoen, knotbomen en houtkanten snoeien, wegbermen en distels maaien, afsluitingen plaatsen, ... . Voor het beheer van de grote graslandpercelen sluiten de Stad Gent en Natuurpunt Gent overeenkomsten af met landbouwers die de graslanden hooien en/of laten (na)beweiden met runderen. Het spoorwegdijkgebied, het gebied aan de Zandloperstraat en de terreinen nabij het knuppelpad in het noordoosten van de Bourgoyen worden beheerd door Natuurpunt Gent.